Sus vínculos con el nazismo le costaron grandes sacrificios a Felipe cuando se casó con la princesa Isabel en 1947.
Cuando era una joven princesa de veinte años, la reina Isabel II de Inglaterra vio cuestionada su decisión de casarse con el príncipe Felipe de Grecia debido a la posible reacción que sus “vínculos alemanes” podrían provocar entre el público británico. La princesa vio a sus propios padres oponerse a ese noviazgo e intentar poner a prueba su relación obligándola a realizar con ellos una gira de seis meses fuera del Reino Unido con el objetivo de que lo olvidara.

El verdadero motivo de la oposición de la familia real al joven Felipe de Grecia eran los vínculos que sus cuatro hermanas, las princesas Margarita, Teodora, Cecilia y Sofía de Grecia, mantuvieron con el nazismo alemán.
La princesa Isabel vio a Felipe algunas veces cuando era muy joven porque eran primos lejanos. Pero cuando tenía 13 años, sus padres estaban de gira por el Royal Naval College en Dartmouth cuando se encontró de nuevo con él y dijo que se enamoró. A partir de ese momento, fueron amigos por correspondencia, ella incluso tenía una foto enmarcada de él junto a su cama. Él tenía 18 años, y era cinco años mayor que ella.

Felipe de Grecia le propuso matrimonio con un anillo de compromiso de diamantes redondos de tres quilates pero la noticia se anunció un tiempo después, en julio de 1947. La futura reina tenía 21 años en ese momento, mientras Felipe tenía 26 y había muchas reservas sobre él, especialmente de su lado de la familia. El noviazgo de la princesa con alguien relacionado al nazismo ocurría justo después de la Segunda Guerra Mundial, por lo que hubo muchas dudas sobre esto.
A los opositores de Felipe no les importaba que fuera bisnieto de la reina Victoria. Consciente de la reticencia británica a aceptarlo como esposo de la princesa, antes de la boda, Felipe renunció a sus títulos de Príncipe de Grecia y Dinamarca y se convirtió oficialmente de la ortodoxia griega al anglicanismo. Además, adoptó el apellido de la familia británica de su madre, Mountbatten, una rama de la dinastía alemana de los Battenberg que adoptó la ciudadanía británica después de la Primera Guerra Mundial.

Nacido en 1921, hijo del príncipe Andrés de Grecia y la princesa Alicia de Battenberg, Felipe tenía cuatro hermanas mayores que se casaron con miembros de la nobleza alemana poco antes de la Segunda Guerra Mundial. La princesa Margarita (1905-1981) se casó con Gottfried, octavo príncipe de Hohenlohe-Langenburg, quien sirvió en el frente ruso, mientras que el esposo de la princesa Teodora (1906-1969), el príncipe Berthold von Baden, resultó herido en Francia mientras servía en las fuerzas armadas unificadas de la Alemania nazi. En 1944, se unió a un complot organizado por compañeros aristócratas para asesinar a Hitler y, en consecuencia, fue despedido del ejército nazi.
La princesa Cecilia (1911-1937) estuvo casada con el gran duque Georg Donatus, de la dinastía alemana de Hesse, y ambos murieron en un atroz accidente de aviación. A sus funerales asistió Felipe y una enorme cantidad de oficiales del nazismo con cruces esvásticas, mientras los dolientes hacían el saludo nazi al paso del cortejo fúnebre. La princesa Sofía (1914-2001) se casó en primeras nupcias con el príncipe Christoph de Hesse, quien era descendiente de la reina Victoria pero sirvió en el ejército alemán y fue director del Ministerio de Fuerzas Aéreas del Tercer Reich hasta su muerte en servicio activo debido a un accidente aéreo en 1943.

Sofía y Christoph de Hesse habían quedado encantados con Adolfo Hitler cuando lo conocieron durante un almuerzo privado en su apartamento. “Tengo que decir aquí que, aunque Chri [el príncipe Christoph] y yo cambiamos nuestra visión política fundamentalmente algunos años después, quedamos impresionados por este hombre encantador y aparentemente modesto y por sus planes para cambiar y mejorar la situación en Alemania”, escribió la princesa en su vejez. Uno de sus hijos fue bautizado Karl Adolf, en honor a Hitler.
Los controvertidos vínculos cercanos de su familia con el nazismo hicieron que Felipe Mountbatten se viera obligado, además, a renunciar a que sus tres hermanas sobrevivientes asistieran a su boda con Isabel. “Las hermanas del príncipe Felipe no fueron invitadas a la boda porque estaban casadas con oficiales alemanes de alto rango, uno de ellos miembro de las SS. Su padre había muerto durante la guerra, así que el único miembro de su familia era su madre”, confirmó el biógrafo de Felipe, Philip Eade.

La biógrafa Ingrid Seward sugirió que Felipe estaba “herido” por la decisión de excluir a sus familiares más cercanos de la celebración nupcial. “Creo que estaba un poco herido. Pero probablemente fue la decisión correcta porque todavía había un sentimiento anti-alemán muy, muy fuerte en este país”, dijo. El historiador Hugo Vickers agregó: “Debe haber sido muy difícil para él, pero creo que básicamente se fue con la corriente. Ciertamente, no hay evidencia de ningún argumento al respecto”.
La princesa Alicia tomó una ruta muy diferente de la de sus hijas y yernos nazis: durante la Segunda Guerra Mundial, albergó en su modesta casa de Atenas a una familia de judíos griegos hasta que terminó la ocupación nazi, incluso padeciendo necesidades alimenticias ella misma. Su heroísmo fue reconocido en el Memorial del Holocausto Yad Vashem, donde tiene la designación de «Justa entre las Naciones«. Felipe y su madre mantuvieron una relación por correspondencia hasta su muerte en 1969. La última carta que le envió decía: “Querido Felipe. Sé valiente y recuerda que nunca te dejaré y siempre me encontrarás cuando más me necesites. Todos mi amor devoto, tu vieja mamá”.