En 1898, el emperador finalmente designó al archiduque Francisco Fernando von Habsburg-Este como su heredero y un año después le cedió el famoso palacio del Oberes Belvedere para que lo usara como su residencia oficial en Viena.
La grandilocuencia barroca del edificio convenía precisamente a la imagen de un heredero fiel a los principios dinásticos. En el mismo año, Francisco Fernando decidió instalar su Cancillería Militar en el Unteres Belvedere y crear una especie de “gobierno de oposición”. Debía instruirse para cuando debiera tomar las riendas del Imperio, por lo tanto, dicho “gobierno” debía analizar y proponer soluciones para todas las cuestiones que afectaban al estado, y para ello, el propio Francisco Fernando insistía en leer cada mañana todos los periódicos que se publicaban en Viena, incluso los contrarios a la monarquía.
EL REFORMISTA
De todas las cuestiones que trató la Cancillería Militar la más importante fue la reforma territorial del Imperio, el proyecto insignia de Francisco Fernando.
El heredero veía con disgusto como en Austria-Hungría se había dado un excesivo poder al reino de Hungría. En una época de eclosión y creación de los nacionalismos, el Imperio no podía mantenerse unido simplemente con la fidelidad de los pueblos hacia el emperador y la dinastía. Asimismo, a Francisco Fernando se habían opuesto a la Casa de los Habsburgo, se les diera tanto poder y en cambio que a los checos, que habían sido uno de los pilares del régimen, no se les diera ni las gracias.

Las ideas del archiduque se concretaron en el llamado proyecto Vereinigte Staaten von Groß-Österreich (Estados Unidos de la Gran Austria) creado en 1906 por Aurel Popovici.
El proyecto, que recibió el entusiasta apoyo del archiduque, proponía la creación de 16 estados semiautónomos en función de las etnias o “nacionalidades” que habitaban el Imperio. Todos los estados tendrían los mismos derechos y deberes, y todos integrarían un gran imperio regido por los Habsburgo. El proyecto resultaba especialmente atractivo para las minorías eslavas (checos, eslovacos, eslovenos, croatas…), que durante siglos se habían visto privadas de parte de sus derechos (aunque muchos preferían la dominación austríaca a la rusa).
Dicho proyecto enfureció especialmente a las poderosas élites húngaras, que se veían privadas de buena parte de su poder político y territorial. El proyecto tampoco gustó excesivamente a la Corte y a las élites vienesas, tradicionalmente reacias a cualquier cambio del status quo.
Las ideas reformistas de Francisco Fernando no se extendían, no obstante, al campo del Arte.
El thronfolger fue conocido por su notoria oposición al Sezessionsstil (el Art Nouveau austríaco) y por su defensa a ultranza del “Maria Theresianische stil” o “Blondel’scher stil”. Éste último era la versión historicista de las opulentas creaciones tardo-barrocas y rococó del glorioso reinado de Maria Theresia a mediados del siglo XVIII. Para Francisco Fernando no era solo una cuestión de gusto, sino toda una declaración política sobre la legitimidad y la grandeza de la dinastía.
En 1907, el Archiduque inauguró la Kirche am Steinhof de Otto Wagner, uno de los más grandes arquitectos del Sezessionsstil, el disgusto de Francisco Fernando fue tal que Wagner no volvió a recibir ningún encargo oficial.
El mismo año se inició el concurso para la construcción del nuevo Kriegsministerium (Ministerio de la Guerra) en la Ringstrasse. Francisco Fernando (a quien el Emperador había delegado estos asuntos “artísticos”) ignoró los innovadores proyectos de Otto Wagner y Adolf Loos y se decantó por la propuesta neo-barroca de Ludwig Baumann; el archiduque exigió, además, la colocación en la cornisa superior de una águila imperial de 16 metros de ancho, lo que obligó a añadir un piso para sostener la escultura.
Ironías de la Historia: delante del Kriegsministerium se había construido años antes una de las obras más emblemáticas e innovadoras de Otto Wagner, la Postsparcassen-Amt (Imperial y Real Caja Postal de Ahorros).
Francisco Fernando dirigió también la construcción del faraónico proyecto del Kaiserforum, una monumental ampliación del Hofburg que debía concluir la creación de la Ringstrasse. Del mastodóntico proyecto solo se construyó la pomposa Neue Burg (1898-1913) sin que el arquitecto Ludwig Baumann o el propio archiduque tuvieran muy claro la función que tendría.